5.总部部门及各部门的部长
脑叶公司总部分为10个部门，由一个主管和一个AI和10个部长管理。（即便Angela一开始还骗你这是支部）
先介绍各部门和其部长，其中部长被称为Sephirah，Sephirah指的是卡巴拉生命树上的10个圆，而脑叶公司整体的排列也有卡巴拉生命树的意思。而这些部长则是之前Ayin的好友，Ayin在他们死后回收了他们的大脑，把这些大脑分别放入了铁盒子里，让他们在机械之躯中继续生存。
上层部门，被称为Asiyah，希伯来文意为物质界。
控制部——昂首阔步的信念
主管（Sephirah）为Malkhuth，前生是Elijah。Malkhuth在希伯来文中意为“国王”，在卡巴拉生命树中序号为10。
“物质的王国”之意。颜色是橙黄色、橄榄色、红褐色和黑色四色，宝石是水晶。象征行星为地球。代表人物形象为坐在王座上的年轻女性，神名是Adonai Melekh，守护天使是尚达奉（Sandalphon）。王国、物质、人，亦代表着四元素所合成，即是物质的存在。
职责是控制员工的走向及一系列事物。
情报部——卓尔不凡的理性
主管为Yesod，前生是Gabriel。Yesod在希伯来文中意为“基本的原则&根基”，在卡巴拉生命树中序号为9。
意味着“astral体”，也就是灵魂与肉体之中的灵气。卡巴拉以此表现“前存在物质”。数字是9，颜色是紫色，金属是银，象征行星为月亮（同太阳，神秘学中月亮也被视为行星）。代表人物形象为全裸的男性。神名是Shaddai El Chai。守护天使是加百列（Gabriel）。基础、万物的基础、神的创造力，亦代表着月球天。
虽然名为情报部，但实际上职责是去消抹情报。
培训部——愈加善良的希望
主管为Hod，前生是Michelle。Hod在希伯来文中意为“永恒的秩序&荣耀”，在卡巴拉生命树中序号为8。
有物质型态的“铸型”之意。数字是8，颜色是橙色，金属是水银。象征行星为水星。神名是Elohim Tzabaoth，守护天使是拉斐尔（Raphael）。尊严、收缩、光荣，亦代表着水星天。
职责是训练新员工。
安保部——生存下去的勇气
主管为Netzach，前生是Giovanni。Netzach在希伯来文中意为“胜利”，在卡巴拉生命树中序号为7。
含有“丰饶”之意，数字是7。7是来自《新约·创世纪》之中耶和华“创造世界的七天”，有坚实、勇气的意义在内。颜色是绿色，金属是铜，宝石是绿宝石。象征行星为金星。代表人物形象为全裸的女性。神名是Adona Tzabaoth。守护天使是亚纳尔（Haniel）。永远、膨胀、胜利，亦代表着金星天。
职责是安保。
中层部门，被称为Birah，希伯来文意为创造界。
中央本部——存在意义的憧憬
主管为Tiphereth&Tiphereth，前生是Lisa&Enoch。Netzach在希伯来文中意为“美丽”，在卡巴拉生命树中序号为6。
生命之木中央的位置，补充所有生物之能源的中心。数字是6，颜色是黄色，金属是黄金。象征行星为太阳（在神秘学中太阳也被视为“行星”），神名是Eloha。守护天使是米迦勒（Michael）。慈悲、调停、美，亦代表着太阳天，此原质正是生命之树的核心。
两人分别控制着中央一层和中央二层，是脑叶公司的交通枢纽。但因为由Enoch制成的Tiphereth太聪明，总是发展出计划外的想法和行为，甚至经常叫出Lisa的本名，因此经常被销毁重装，最终只剩下一个Tiphereth。
惩戒部——守护他人的决意
主管为Geburah，前生是Kali。Geburah在希伯来文中意为“严厉”，在卡巴拉生命树中序号为5。
别名是“天使的外科医生”、“天空的外科医生”。数字是5，颜色是红色，图形是五角形，金属是铁，宝石是红宝石，象征行星为火星。神名是Elohim Gibor，守护天使是卡麦尔（Camael）。法、神的权利、恶的发现、怒，亦代表着火星天。
职责是保护公司，对付异想体以及其他事件。
福利部——值得托付的信任
主管为Cheses，前生是Daniel。Cheses在希伯来文中意为“慈悲”，在卡巴拉生命树中序号为4。
意味着纯粹而神圣的宇宙法则——“爱”。数字是4，颜色是蓝色，金属是锡，图形是正四面体，宝石是蓝宝石，象征行星为木星。代表人物形象为坐在王座上的王。神名是EL，守护天使是然德基尔（Zadkiel）。爱、仁慈、恩宠、伟大，亦代表着木星天。
表面上是为员工谋福利的部门。实际上Cheses控制着逆卡巴拉抑制器。
下层部门，被称为Atziluth，希伯来文意为神界。
研发部——直面恐惧，斩断循环
主管为Binah，前生是Garion，世界的调律者。Binah在希伯来文中意为“理解”，在卡巴拉生命树中序号为3。
有“至高之母”的别名，和“智慧（Chhokmah）”相对应，象征“女性原理”，赋予所有事物的形体。数字是3，颜色是黑色。宝石是珍珠，金属是铅，象征行星为土星。代表人物形象为成熟的女性。神名是Elohim，守护天使是亚夫结（Zaphkiel）。执行、实质的理性、创造之泉，亦代表着土星天。
负责打捞异想体，提取E.G.O核心，Carmen的遗体在这。
记录部——拥抱过去，创造未来
主管为Hokma，前生是Benjamin。Chokmah在希伯来文中意为“智慧”，这里Chokmah应该与Hokma同义。在卡巴拉生命树中序号为2。
别名为“至高之父”，为男性原理及“动性”的象征。数字是2，颜色是灰色。象征宝石为绿松石，象征行星为天王星。神名是Yod。守护天使是拉结尔（Ratziel）。智慧、纯粹理性、创造原点，亦代表着恒星天/原动天。
Benjamin在离开脑叶公司后，又悄悄回到了脑叶公司，因为他是Ayin忠实的追随者，他不忍心看见Ayin堕落。
肉体的Benjamin经历了长时间的潜伏，已经不在年轻，变得衰老，最终被Angela发现，并把Benjamin杀死做成和其它部长一样的机械——Hokma。
作为见证者来记录脑叶公司的事物。
构筑部——最纯真的自我
主管为Kether（也写作Keter)。Kether在希伯来文中意为“王冠”，在卡巴拉生命树中序号为1。
与人类头顶的大宇宙之间的接点。有创造的泉源、纯粹存在、生命力的泉源之意。数字是1，颜色是白色。象征宝石为金刚石，象征行星为海王星。代表人物形象为国王的侧脸，神名是Eheieh，守护天使是梅丹佐（Metatron）。同时和被称为最后之剑的圆——“王国（Malkuth）”相应。超越、神的本性，亦代表着净火天。
依次连结1到10所构成的线条又称为“火剑之路”（Path of the Flaming Sword）。
虽然表面上名为Kether，实际上是Ayin和自己的三个碎片（人格）Abel，Abram和Adam。
职责是构建脑叶公司。脑叶公司有很大一部分设施是从Ayin的头脑中通过反复的提炼而稳定出现的。
部门介绍完毕，最后是再说一下主管和Angela。主管X，也就是玩家自己，其实是洗脑后的Ayin。而Angela，取名的词根应该是Angelos——天使使者，应该指向Carmen，能够感知情感，目的是帮助Ayin完成光之种。